南京农业大学经济管理学院的前身是金陵大学农经系和南京大学农经系,1952年合并组成南京农学院农经系，1989年3月经农业部批准成立南京农业大学农业经济与贸易学院，1994年4月改名为南京农业大学经济与贸易学院，2004年9月再次更名为经济管理学院。从金陵大学开设农业经济本科专业开始，学院（及前身）至今已有近百年的历史。1936年在国内率先招收经济学硕士研究生，1984年开始培养管理学博士研究生。