经济管理学院是哈尔滨工程大学首批成立的二级学院之一，源自1984年的管理工程系。1985年招收第一届硕士研究生，1987年招收第一届本科生，1995年获得管理科学与工程博士点，1996年成立经济管理学院，1997年取得MBA试办权，2001年设立管理科学与工程博士后科研流动站并取得MBA正式举办权，2003年招收第一届工程硕士，2005年取得两个一级学科硕士点和一个二级学科硕士点，2007年获得MPA举办权，2009年获得EMBA举办权。